LPUF vairāku gadu garumā un reorganizāciju rezultātā ir veidojusies no PSRS laikā esošās Latvijas Pārtikas rūpniecības ministrijas. Savu pašreizējo veidolu tā ieguva 2004. gadā. 

1986. gadā uz Lauksaimniecības ministrijas bāzes tika izveidots Latvijas Agrorūpnieciskais komplekss, likvidējot visas ar pārtiku saistītās ministrijas un pārveidojot tās par Agrorūpnieciskā kompleksa nodaļām. Latvijas Pārtikas rūpniecības ministrija kļuva par Pārtikas rūpniecības nodaļu ar ierobežotām tiesībām un iespējām pārstāvēt nozari. Tā rezultātā jau pēc 3 mēnešiem Pārtikas rūpniecības nodaļa tika paplašināta un pārdēvēta par Agrorūpnieciskā kompleksa Pārtikas rūpniecības pārvaldi.

1988. gada jūnijā Pārtikas rūpniecības pārvalde tika atdalīta no Agrorūpnieciskā kompleksa un kļuva par Republikānisko ražošanas apvienību “Latvijas pārtikas rūpniecība” (toreiz “Latvpiščeprom”).

Savukārt 1990. gadā notika kārtējā reorganizācija un tās rezultātā radās koncerns “Latvijas Pārtika”.

Latvijas valsts neatkarības pirmajos gados, pilnveidojoties valsts pārvaldei, pārmaiņas skāra arī koncernu. No tās izveidojās SIA “Pārtikas uzņēmumu federācija”, pēc tam tā pārveidojās par SO “Latvijas Pārtikas uzņēmumu federācija”.

Tagad “Latvijas Pārtikas uzņēmumu federācija” ir biedrība, kas pārstāv pārtikas ražotāju intereses Latvijā un Eiropas Savienībā.